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Kolb Lab Heisenberg DFG

Netzwerke

Die AG Kolb befindet sich am Institut für Pharmazeutische Chemie der Philipps-Universität Marburg.

Wir sind des Weiteren Mitglied in SYNMIKRO,
im SFB/Transregio 81 (TRR81),
und DRUID.
Wir sind auch Teil des Netzwerks ERNEST, dem "European Research Network on Signal Transduction".
Gemeinsam mit den Arbeitsgruppen von Jana Selent und Michel Bouvier untersuchen wir "biased ligands" des 5-HT2A Rezeptors im Rahmen des ERANET NEURON Projekts PSYBIAS. Dieses Projekt wird vom Bundesministerium für Bildung und Forschung mit Förderkennzeichen 01EW1909 gefördert.



Die AG war stark an COST Action CM1207 "GLISTEN: GPCR-Ligand Interactions, Structures, and Transmembrane Signalling: a European Research Network" beteiligt
und Teil von SynChemBio.
Die Arbeitsgruppe entstand durch die großzügige Förderung der DFG im Emmy Noether Programm. Emmy Noether DFG
[en][de]


Forschung

Docking
Word cloud wurde mit WordClouds.com aus Publikationszusammenfassungen erzeugt. Dank an Xavier Deupi für die Idee!

Kleine Moleküle werden häufig sowohl von der Natur als auch therapeutisch eingesetzt, um die Aktivität des Proteins an welches sie binden zu modulieren. Trotzdem werden viele Aspekte von Molekül:Protein Interaktionen überraschend schlecht verstanden. Polypharmakologie, d.h. das Binden eines Liganden an mehrere Proteine, tritt oftmals überraschend auf, obwohl diese Eigenschaft der eigentliche Grund für Wirksamkeit oder Nebenwirkungen eines Wirkstoffes sein kann. Auf der Seite der Proteine kann eine Punktmutation in der Bindetasche, was an sich nur eine kleine Veränderung darstellt, die Bindung eines Wirkstoffes verunmöglichen und damit Resistenzen bewirken. Es ist daher von grossem Interesse ein umfassendes Verständnis der Molekül:Protein Interaktionsprofile in molekularem Detail zu erhalten und diese Profile mit Signal- und Metabolismuspfaden zu korrelieren.

Docking von kleinen Molekülen ist unsere Hauptmethode, aber wir forschen auch in den angrenzenden Gebieten der Chemoinformatik und Molekulardynamik. Die Untersuchungen richten sich hauptsächlich auf Kinasen und G-Protein-gekoppelte Rezeptoren (GPCRs).


Publikationen

Zuletzt veröffentlicht:
48 Structure-based Discovery of Novel Ligands for the Orexin 2 Receptor.
Jakub Gunera, Jillian G. Baker, Niek van Hilten, Daniel M. Rosenbaum, Peter Kolb
J. Med. Chem. 2020, just accepted.
47 Structure-based development of a subtype-selective orexin 1 receptor antagonist.
Jan Hellmann, Matthäus Drabek, Jie Yin, Jakub Gunera, Theresa Pröll, Frank Kraus, Christopher J. Langmead, Harald Hübner, Dorothee Weikert, Peter Kolb*, Daniel M. Rosenbaum*, Peter Gmeiner*
Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2020, 117, 18059-18067. [pdf]
46 GPCRmd uncovers the dynamics of the 3D-GPCRome.
Ismael Rodríguez-Espigares, Mariona Torrens-Fontanals, Johanna K. S. Tiemann, David Aranda-García, Juan Manuel Ramírez-Anguita, Tomasz Maciej Stepniewski, Nathalie Worp, Alejandro Varela-Rial, Adrián Morales-Pastor, Brian Medel-Lacruz, Gáspár Pándy-Szekeres, Eduardo Mayol, Toni Giorgino, Jens Carlsson, Xavier Deupi, Slawomir Filipek, Marta Filizola, José Carlos Gómez-Tamayo, Angel Gonzalez, Hugo Gutiérrez-de-Terán, Mireia Jiménez-Rosés, Willem Jespers, Jon Kapla, George Khelashvili, Peter Kolb, Dorota Latek, Maria Marti-Solano, Pierre Matricon, Minos-Timotheos Matsoukas, Przemyslaw Miszta, Mireia Olivella, Laura Perez-Benito, Davide Provasi, Santiago Ríos, Iván R. Torrecillas, Jessica Sallander, Agnieszka Sztyler, Silvana Vasile, Harel Weinstein, Ulrich Zachariae, Peter W. Hildebrand, Gianni De Fabritiis, Ferran Sanz, David E. Gloriam, Arnau Cordomi, Ramon Guixà-González*, Jana Selent*
Nat. Methods 2020, 17, 777-787. [pdf]
45 The European Research Network on Signal Transduction (ERNEST): Toward a Multidimensional Holistic Understanding of G Protein-Coupled Receptor Signaling.
Martha E. Sommer*, Jana Selent, Jens Carlsson, Chris De Graaf, David E. Gloriam, György M. Keserű, Mickey Kosloff, Stefan Mordalski, Aurelien Rizk, Mette M. Rosenkilde, Eddy Sotelo, Johanna K. S. Tiemann, Andrew Tobin, Nina Vardjan, Maria Waldhoer, Peter Kolb*
ACS Pharmacol. Transl. Sci. 2020, 3, 361-370. [pdf] [perspective]
vollständige Liste

Mitarbeiterinnen & Mitarbeiter

Viviane Corrêa Santos [Ehemalige Gastwissenschaftlerin]
Matthäus Drabek [Doktorand]
Anja Flöser [Doktorandin]
Janik Hedderich [Doktorand]
Jonas Kammertöns [Doktorand]
Peter Kolb [Gruppenleiter]
Victor Lim [Doktorand]
Lea Löffler [Ehemalige Studentische Hilfskraft]
Stefania Monteleone [Ehemalige Postdoc]
Maria Giovanna Papadopoulos [Doktorandin]
Margherita Persechino [Doktorandin]
Naiá Porã Santos [Ehemalige Praktikantin]
Magdalena Scharf [Doktorandin]
Johanna Senst [Doktorandin]
Corey Taylor [Ehemaliger Doktorand]
Nicht auf dem Bild:
Frank Balzer [IT Administrator]
Jon Both [Studentische Hilfskraft]
Carsten Damm [Studentische Hilfskraft]
Steffi Dörr [Laborantin Molekularbiologie]
Linn Evenseth [Postdoc]
Hans-Dieter Gerber [Chemielaborant]
Lydia Hartleben [Assistentin]
Theresa Jünemann [Studentische Hilfskraft]
Jesko Kaiser [Masterand]
Klaus Reuter [apl Professor]
Kai Schmidt [Masterand]
Valerij Talagayev [Masterand & PJ Student]
Johanna Weyandt [Studentische Hilfskraft]

Lehre

Wir lehren in den Vorlesungen und Praktika der Pharmazeutischen Chemie. Des Weiteren nehmen wir Wahlpflichtpraktikantinnen und Wahlpflichtpraktikanten aus der Chemie und Pharmazie auf. Studierende mit einem starken Interesse an Computerberechnungen, Chemie und Biochemie, sowie deren Anwendung auf pharmazeutische Fragestellungen werden für B.Sc.-, M.Sc.- und Doktorarbeiten angenommen.

Scubidoo & Pingui


PrenDB


Daim – ein Programm zur Erzeugung von Molekülfragmenten


In der AG mitarbeiten




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