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Kolb Lab Heisenberg DFG

Netzwerke

Die AG Kolb befindet sich am Institut für Pharmazeutische Chemie der Philipps-Universität Marburg.

Wir sind des Weiteren Mitglied in SYNMIKRO,
im SFB/Transregio 81 (TRR81),
und DRUID.
Wir sind auch Teil des Netzwerks ERNEST, dem "European Research Network on Signal Transduction".
Gemeinsam mit den Arbeitsgruppen von Jana Selent und Michel Bouvier untersuchen wir "biased ligands" des 5-HT2A Rezeptors im Rahmen des ERANET NEURON Projekts PSYBIAS. Dieses Projekt wird vom Bundesministerium für Bildung und Forschung mit Förderkennzeichen 01EW1909 gefördert.



Die AG war stark an COST Action CM1207 "GLISTEN: GPCR-Ligand Interactions, Structures, and Transmembrane Signalling: a European Research Network" beteiligt
und Teil von SynChemBio.
Die Arbeitsgruppe entstand durch die großzügige Förderung der DFG im Emmy Noether Programm. Emmy Noether DFG
[en][de]


Forschung

Docking
Word cloud wurde mit WordClouds.com aus Publikationszusammenfassungen erzeugt. Dank an Xavier Deupi für die Idee!

Kleine Moleküle werden häufig sowohl von der Natur als auch therapeutisch eingesetzt, um die Aktivität des Proteins an welches sie binden zu modulieren. Trotzdem werden viele Aspekte von Molekül:Protein Interaktionen überraschend schlecht verstanden. Polypharmakologie, d.h. das Binden eines Liganden an mehrere Proteine, tritt oftmals überraschend auf, obwohl diese Eigenschaft der eigentliche Grund für Wirksamkeit oder Nebenwirkungen eines Wirkstoffes sein kann. Auf der Seite der Proteine kann eine Punktmutation in der Bindetasche, was an sich nur eine kleine Veränderung darstellt, die Bindung eines Wirkstoffes verunmöglichen und damit Resistenzen bewirken. Es ist daher von grossem Interesse ein umfassendes Verständnis der Molekül:Protein Interaktionsprofile in molekularem Detail zu erhalten und diese Profile mit Signal- und Metabolismuspfaden zu korrelieren.

Docking von kleinen Molekülen ist unsere Hauptmethode, aber wir forschen auch in den angrenzenden Gebieten der Chemoinformatik und Molekulardynamik. Die Untersuchungen richten sich hauptsächlich auf Kinasen und G-Protein-gekoppelte Rezeptoren (GPCRs).


Publikationen

Zuletzt veröffentlicht:
45 The European Research Network on Signal Transduction (ERNEST): Toward a Multidimensional Holistic Understanding of G Protein-Coupled Receptor Signaling.
Martha E. Sommer*, Jana Selent, Jens Carlsson, Chris De Graaf, David E. Gloriam, György M. Keserű, Mickey Kosloff, Stefan Mordalski, Aurelien Rizk, Mette M. Rosenkilde, Eddy Sotelo, Johanna K. S. Tiemann, Andrew Tobin, Nina Vardjan, Maria Waldhoer, Peter Kolb*
ACS Pharmacol. Transl. Sci. 2020, accepted. [perspective]
44 A Focus on Unusual ECL2 Interactions Yields β2-adrenergic Receptor Antagonists with Unprecedented Scaffolds.
Magdalena M. Scharf, Mirjam Zimmermann, Florian Wilhelm, Raimond Stroe, Maria Waldhoer*, Peter Kolb*
ChemMedChem 2020, accepted.
43 A Taxicab geometry quantification system to evaluate the performance of in silico methods: a case study on adenosine receptors ligands.
Kamil J. Kuder*, Ilona Michalik, Katarzyna Kieć-Kononowicz, Peter Kolb*
J. Comput. Aided Mol. Des. 2020, accepted. [pdf]
42 Comparative docking to distinct G protein-coupled receptor conformations exclusively yields ligands with agonist efficacy.
Magdalena M. Scharf, Moritz Bünemann, Jillian G. Baker*, Peter Kolb*
Mol. Pharmacol. 2019, 96, 851-861. [pdf]
vollständige Liste

Mitarbeiterinnen & Mitarbeiter

Viviane Corrêa Santos [Ehemalige Gastwissenschaftlerin]
Matthäus Drabek [Doktorand]
Anja Flöser [Doktorandin]
Janik Hedderich [Doktorand]
Jonas Kammertöns [Ehemaliger PJ Student]
Peter Kolb [Gruppenleiter]
Victor Lim [Doktorand]
Lea Löffler [Studentische Hilfskraft]
Stefania Monteleone [Postdoc]
Maria Giovanna Papadopoulos [Doktorandin]
Margherita Persechino [Doktorandin]
Naiá Porã Santos [Ehemalige Praktikantin]
Magdalena Scharf [Doktorandin]
Johanna Senst [Doktorandin]
Corey Taylor [Ehemaliger Doktorand]
Nicht auf dem Bild:
Frank Balzer [IT Administrator]
Carsten Damm [Studentische Hilfskraft]
Torben Gutermuth [Ehemaliger Masterand]
Lydia Hartleben [Assistentin]
Daria Makarova [Studentische Hilfskraft]
Susanne Roth [Gastwissenschaftlerin]

Lehre

Wir lehren in den Vorlesungen und Praktika der Pharmazeutischen Chemie. Des Weiteren nehmen wir Wahlpflichtpraktikantinnen und Wahlpflichtpraktikanten aus der Chemie und Pharmazie auf. Studierende mit einem starken Interesse an Computerberechnungen, Chemie und Biochemie, sowie deren Anwendung auf pharmazeutische Fragestellungen werden für B.Sc.-, M.Sc.- und Doktorarbeiten angenommen.

Scubidoo & Pingui


PrenDB


Daim – ein Programm zur Erzeugung von Molekülfragmenten


In der AG mitarbeiten




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